紫金山总面积3008.8公顷，其中森林面积2311.1公顷，森林覆盖率达76.8%，水体有22湖15涧共90.7公顷。紫金山有本地野生种子植物701种、动物资源1600余种、真菌品种380余种、蕨类植物80种，其中古树名木1320株，占南京市古树名木总量的63.2%，国家保护植物22种（主要有：琅琊榆、秤锤树、宝华玉兰、金荞麦等），国家级保护动物32种（如：獐、小天鹅、苍鹰、中华虎凤蝶等），南京地区珍稀濒危植物8种（杜衡、紫金牛、红果榆、水冬瓜、紫楠、牛鼻栓、南京椴、南京珂南树）。紫金山森林植被资源以针叶林和针阔混交林为主，兼有阔叶林、落叶阔叶林、常绿—落叶阔叶混交林，同时分布有较大面积的茶园、梅园、桂园、竹林等，集中了亚热带江南低山丘陵地区主要森林植被类型。特殊的地理环境、良好的自然生态和完备的保护机制，为动植物的繁衍生息提供了理想场所。
国家保护植物
国家二级保护动物
序号
名称
备注
序号
名称
拉丁名
1
琅琊榆
在紫金山
自然更新
1
獐
Hydropotes inermis (Swinhoe,1870)
2
秤锤树
2
小苇鳽
Ixbrychus minutus
3
宝华玉兰
3
白琵鹭
Platalea leucorodia
4
青檀
4
小天鹅
Cygnus colunbianus
5
杜仲
5
白额雁
Anser albifrons
6
南方红豆杉
6
鸳鸯
Aix galericulata
7
香樟
7
苍鹰
Accipiter gentilis
8
喜树
8
雀鹰
Accipiter nisus
9
金荞麦
9
普通鵟
Buteo buteo
10
瘿椒树
10
黑翅鸢
Elanus caeruleus
11
银杏
11
黑耳鸢
Milvus lineatus
12
鹅掌楸
12
白腹鹞
Circus spilonotus
13
水杉
13
蛇雕白尾鹞
Circus cyaneus
14
秃杉
14
鹊鹞
Circus melanoleucos
15
红花木莲
15
赤腹鹰
Accipiter soloensis
16
金钱松
16
日本松雀鹰
Accipiter gularis
17
福建柏
17
红隼
Falco tinnunculus
18
野菱
本地野生植物
18
游隼
Falco peregrinus
19
短穗竹
19
灰背隼
Falco columbarius
20
明党参
20
燕隼
Falco subbuteo
21
野大豆
21
普通夜鹰
Caprimulgus indicus
22
榉树
22
红翅绿鸠
Treron sieboldii
23
小鸦鹃
Centropus bengalensis
南京地区珍稀濒危植物
24
长耳鸮
Asio otus
序号
名称
备注
25
短耳鸮
Asio flammeus
1
杜衡
本地野生植物
26
鹰鸮
Ninox scutulata
2
紫金牛
27
红角鸮
Otus scops
3
红果榆
28
中国大鲵
Andrias davidianus(Blanchard,1871)
4
水冬瓜
29
拉步甲
Carabus(Coptolabrus)lafossei
5
紫楠
30
叉犀金龟
Allomyrina davidis
6
牛鼻栓
31
中华虎凤蝶
Luehdorfia chinensis huashanensis
7
南京椴
32
貉
Nyctereutes procyonoides （Gray,1834）
8
南京珂南树